1945年群馬県生まれ。
早稲田大学第二文学部演劇専修卒業後、フリーの助監督として浦山桐郎、篠田正浩監督らにつく。1981年「泥の河」で監督デビュー。
戦争の傷あとを残す大阪の川べりを舞台に、少年少女のひと夏の出会いと別れを、白黒・スタンダードの端正な画像で描き、キネマ旬報ベスト・テン第1位をはじめ数多くの賞を独占、海外でもモスクワ映画祭銀賞を獲得、アメリカ・アカデミー賞の外国語映画へノミネートされるなど高い評価を受ける。
84年に李恢成の原作による「伽倻子のために」を発表。
在日朝鮮人と日本人少女との愛と別れを慈しみをもって描き、フランスのジョルジュ・サドゥール賞を日本人として初受賞。
90年、純文学の極北と称された島尾敏雄の「死の棘」を映画化。
第43回カンヌ国際映画祭で“グランプリ・カンヌ1990”と“国際批評家連盟賞”をダブル受賞する。
96年には、自身初のオリジナル脚本による「眠る男」を発表。
動かず、語らない、眠る男を映画の主人公に据えて、これまでの映画話法を根底からくつがえす作品となり、モントリオール映画祭審査員特別大賞を受賞。群馬県が自治体として映画製作をしたこと、韓国を代表する俳優、安聖基（アン・ソンギ）、インドネシアの国民的女優、クリスティン・ハキム、そして日本の役所広司の共演も話題になった。
05年、前作に続きオリジナル脚本による「埋もれ木」を発表。
第58回カンヌ国際映画祭で特別上映された。
2015年にはオダギリジョー主演の日仏合作映画「FOUJITA」を発表。
過去五作品がDVD-BOOK 「小栗康平コレクション」として、「FOUJITA」は別巻としてBlu-rayで発売されている。著書「時間をほどく」（朝日新聞社)「映画を見る眼」（NHK出版）「じっとしている唄」（白水社）などがある。
